随着现代生物技术的发展，作物育种手段正在从传统育种向分子设计育种跨越。作物分子设计育种是根据作物生长发育的精确遗传信息，构建能代表这些遗传信息的分子元件及性状元件，按照育种目标进行定向组装的分子育种技术，可提高作物育种的预见性和育种效率，实现定向、高效、精准化育种。为提升河南省分子育种水平、加快主要农作物育种进程，在院领导的高度重视和有关部门的大力支持下，通过引进海外高层次人才和两年精心筹建，经省机构编制委员会批准，河南省农业科学院作物设计中心于2014年2月28日正式成立。                       

       中心人才编制20人，现有工作人员19人，其中特聘研究员1人，研究员1人，助理研究员8人；博士9人，硕士5人。中心下设办公室、分子生物学实验室、粮食作物分子设计研究室和油料作物分子设计研究室；购置了ABI3500XL遗传分析仪、二代测序仪、荧光定量PCR仪、基因导入仪等价值上千万元的仪器设备近百台（套）；在河南现代农业研究开发基地有试验田30亩、日光温室3栋和网室、挂藏室等试验设施。中心利用SSR、SNP、SRAP等高通量分子标记开发、遗传连锁图谱构建、功能基因定位与克隆等先进技术，主要开展了玉米、小麦、油菜等作物种质资源的引进、评价、利用和功能基因挖掘、新种质创制等方面的研究，并在油菜品质改良和抗根肿病研究、玉米适宜机收新种质创制和抗粗缩病基因挖掘、小麦太谷核不育基因定位等方面取得了良好进展。

       中心将充分发挥人才、技术与平台优势，加强内外合作，注重应用基础研究和公益性研究，立足河南、面向全国，瞄准世界生物技术育种前沿，积极开展现代育种新技术、新方法的探索；着力开展主要农作物分子设计遗传改良和功能基因组学研究，以基因克隆和遗传操作为手段，创制优异种质材料，为提升分子育种技术水平和培育突破性农作物新品种提供有力的技术支撑。