河南省农业科学院小麦研究所成立于1979年8月，是我国成立较早的从事小麦学科研究的专业科研机构，是小麦国家工程实验室、农业部黄淮中部小麦生物学与遗传育种重点实验室、国家黄淮海转基因小麦中试与产业化基地、河南小麦区域技术创新中心（农业部）、河南省小麦生物学重点实验室、河南省小麦遗传育种国际联合实验室等的建设单位，是河南省小麦研究会的理事长单位；是“八五”--“十一五” 全国农业科研单位综合实力百强科研（院）所。
       小麦研究所现有在职职工59人，其中科学研究人员51人，具有高级职称的26人，博士、硕士学位的31人。研究所设有小麦种质资源、分子育种、丰产优质育种、细胞工程育种、栽培、化控、品种利用和成果应用等八个专业研究室。
       “十五”以来，小麦研究所承担了国家、省部级重大科研项目100多项，课题经费达到2.1亿元以上，承担有国家“863”计划、“973”计划、“948”计划、国家科技支撑计划、农业部转基因生物新品种培育重大专项、公益性行业（农业）科研专项、国家现代产业技术体系项目、国家自然科学基金、农业科技成果转化、国际合作重点项目以及省级项目“省重大科技专项”、“省重大科技攻关”、“省杰出人才创新基金”、“省杰出人才青年基金”、“省小麦产业技术体系”等；现有仪器设备1356台（套），总价值5365.7万元左右，其中10万元以上大型仪器设备46台，价值1485.65万元。
       “九五”以来，共获省（部）级以上重大科技成果奖25项，其中第一主持完成国家级成果（发明）奖7项，发明及实用新型专利16项，出版学科专著16部，发表论文260多篇，在SCI上发表26篇。其中“优质强筋早熟多抗高产广适性小麦新品种郑麦9023”和“大面积高产稳产小麦新品种豫麦13号”分获2004年度和1995年度国家科技进步一等奖；“优质强筋高产小麦新品种郑麦366的选育及应用”获得2014年国家科技进步二等奖；“小麦优质高效生产技术研究与示范”、“弱筋高产型国审小麦新品种国审郑麦004的选育及其产业化”、“河南省小麦种质资源研究、创新与利用”分别荣获2005、2008、2010年河南省科技进步一等奖。
       小麦研究所是我国较早开展优质小麦育种的单位，并处于国内领先位置，先后育成豫麦13号、豫麦47号、郑麦9023、郑麦366、郑麦004、太空6号、郑麦7698等小麦新品种36个，获得植物新品种保护权18个，通过国家审定品种9个。在小麦新品种选育、配套生产技术研发、集成、示范、产业化开发等领域居国内先进水平，推广面积3.8亿多亩，增产93.42亿公斤，新增产值149.47亿元。特别是近年来选育的优质强筋小麦新品种“郑麦9023”累计推广面积2.8亿多亩，增产68.84亿公斤，新增产值110.14亿元，连续多年位居我国（省）小麦品种种植面积第一位；优质、矮秆、多抗、强筋小麦新品种郑麦366被河南省科技厅作为“河南省重大科技专项”项目核心品种推广应用。郑麦9023、郑麦366、郑麦7698年种植面积均在1000万亩以上，并被农业部列为2015年我国小麦生产的主导品种。目前，小麦研究所已初步形成以小麦新品种选育为核心的小麦科技创新研究机构。