河南省农业科学院经济作物科学研究所前身是河南省农林科学院作物研究所，始建于1958年，1979年分设增建河南省农科院经济作物研究所，2000年由河南省农科院经济作物研究所与河南省芝麻研究中心合并组建河南省农业科学院棉花油料作物研究所，2006年又更名为河南省农业科学院经济作物研究所。现有在职职工62人，其中研究员、副研究员26人，博士、硕士35人，中原学者1人，“百千万人才工程”国家级人选3人。现有国家现代农业产业技术体系岗位科学家4人、河南省现代农业产业技术体系首席专家1人。先后有19人享受国务院特殊津贴，2人获国家有突出贡献中青年专家称号，1人获得全国十佳科技工作者，11人获河南省优秀专家称号。
       下设棉花育种研究室、花生研究室、油菜研究室、大豆研究室和棉花栽培生理研究室，主要从事花生、棉花、大豆、油菜品种遗传改良、育种技术、优质高效栽培技术研究；棉花育种研究室、花生研究室分别被农业部授予科研创新团队。